En otras ciudades, la numeración de las líneas urbanas suele responder a un orden a la hora de asignarles números, lo cual a simple vista provoca vacíos en la numeración.
En Málaga a simple vista parece no ser así, pero sin embargo sí que hubo en un momento una organización en las líneas que ya parece haber quedado superado.
La primera división es entre líneas urbanas e interurbanas.
Las primeras tienen un número de uno o dos dígitos, quedando reservados los tres dígitos para los interurbanos.

Autobús de Portillo en la subestación de Muelle Heredia.
Luego, dentro de las líneas urbanas, distinguimos siete grupos de líneas:
Líneas históricas
Consideramos las líneas históricas las originalmente numeradas de la 1 a la 18. Algunas son líneas propiamente creadas por la EMT (10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 18), otras son de concesiones que acabaron siendo absorbidas (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 17):
- Parque del Sur – Postigo de los Abades
- Alameda Principal – Ciudad Jardín
- Paseo del Parque – Puerta Blanca
- Muelle Heredia – Tiro Pichón
- Conde Ureña – Estación
- Alameda Principal – Suárez – La Milagrosa
- Alameda Principal – Arroyo – Miraflores de los Ángeles
- Alameda Principal – Colonia Santa Inés
- Alameda Principal – Nueva Málaga
- Torremolinos Centro
- Alameda Principal – El Palo
- Muelle Heredia – San Andrés
- Malagueta – Hospital Civil
- Alameda Principal – Portada Alta
- Santa Paula – Citesa
- Muelle Heredia – Térmica
- Alameda Principal – La Palma
- Paseo de la Farola – Carranque
Las líneas en cursiva, actualmente están desaparecidas.
Líneas minibuses
Era el siguiente grupo de líneas, aunque varias ya no emplean ese tipo de vehículos.
Originalmente estaban denominadas de la A a la H, saltando la B, y a finales de los 80 se les asignaron los números a partir del 31.
- Alameda Principal – Pryca (G)
- Paseo del Parque – Limonar (C)
- Paseo del Parque – Cerrado de Calderón (E)
- Paseo del Parque – Pedregalejo Alto (D)
- Paseo del Parque – Gibralfaro (H)
- Conde Ureña – Alameda de Colón (A)
- Postigo de los Abades – Altamira – Monte Dorado (F)
Líneas modernas
El siguiente grupo de líneas son varias líneas creadas entre finales de los 80 y los 90, posteriores a todas las demás. Se ordenaron de forma numérica hasta alcanzar el 30 en el año 1999.
- Postigo Abades – Aeropuerto (recuperada a Portillo)
- Alameda Principal – Universidad (nueva creación)
- Alameda Principal – Puerto de la Torre (recuperada concesión)
- Avenida Velázquez – Universidad (nueva creación)
- Alameda Principal – Parque Cementerio (nueva creación)
- Muelle Heredia – Los Prados (recuperación de concesión y fusión con la 4.1)
- Paseo del Parque – Campanillas (nueva creación)
- Alameda Principal – Alegría de la Huerta (recombinación de las líneas 2.1, 2.2 y 2.3)
- Muelle Heredia – P.I. Guadalhorce (nueva creación)
- Santa Águeda – Los Núñez (nueva creación)
- Jarazmín – El Palo (nueva creación)
- Alameda Principal – Mangas Verdes (nueva creación)
Líneas nocturnas
Tradicionalmente las líneas nocturnas han sido dos e internamente se han numerado con el 4X. Recientemente se han creado dos líneas nuevas.
- Puerta Blanca – El Palo
- Plaza de la Marina – Circular
- Paseo del Parque – Santa Rosalía – Maqueda
- Alameda Principal – Puerto de la Torre
Líneas circulares
Las líneas circulares se originaron en 2004 con la creación de las dos primeras, sustituyendo a 5, 9 y 13. Posteriormente se creó una tercera línea para Parque Clavero y se intentó mantener una cuarta para dar servicio al Centro Histórico que nunca funcionó.
Se numeran internamente como 7X.
- Circular 1
- Circular 2
- Parque Clavero
- Centro
Líneas de reciente creación
Son líneas originadas a partir del 2000. Tienen en común el ignorar completamente esta estructura e ir asignando números de manera arbitraria. Son:
- Alameda Principal – Guadalmar (originada a partir de la 10 original)
- Alameda Principal – Churriana (por Centro de Salud) (lanzadera a Churriana)
- Ciudad Jardín – Teatinos
- Paseo del Parque – Santa Rosalía – Maqueda (por Ortega y Gasset) (recuperación de concesión)
- Alegría de la Huerta – Los Prados (fusión de 24 y 26)
- Alameda Principal – Granja Suárez (antigua 8.1)
- Paseo de la Farola – Sacaba Beach
- Alameda Principal – Plaza Mayor (lanzadera)
- Paseo del Parque – PTA Express (E) (express)
- Paseo del Parque – Aeropuerto (A Express) (express)
Líneas especiales
Son líneas que sólo funcionan en condiciones específicas: Sólo laborables, sólo fines de semana, sólo épocas concretas.
Se numeran con el 6X y con el 9X.
- Alameda Principal – Jardín Botánico
- Puerto de la Torre – Universidad
- Alameda Principal – Rastro (lanzadera)
- Peñón del Cuervo (lanzadera)
- Universidad – Ampliación (L) (express)
- Paseo del Parque – Estación Marítima
- Estación Autobuses – Museo del Automóvil – Jardín Botánico
- Bus Turístico (antigua 100)
Las líneas 9X las opera Portillo en colaboración con la EMT. La línea 61 la operaba la EMT, pero se quedó también Portillo con ella.
Por último, hay una línea, realmente perteneciente al Consorcio, pero se dio de alta en el sistema de la EMT: Es la M-138, Málaga – Alhaurín de la Torre (Nocturno), que se activó como N-5.
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